（一）研究生教育创立阶段（1949年以前）

1942年7月，经教育部批准，江苏医学院成立医学研究所，同年8月下设寄生虫学部，由部聘教授洪式闾博士兼主任，12月招收第一届研究生兼助教赵慰先一人。1943年8月，寄生虫学部招收第二届研究生王培信、王毓楹2人。王培信和赵慰先分别于1945年8月和1946年1月经提交硕士论文并通过硕士考试后，经教育部复核审查通过授予硕士学位。

（二）研究生教育初期发展阶段（1950-1977年）

新中国成立以后至1965年，学校共培养研究生14人。

1966年，由于发生了“文化大革命”，通过研究生入学考试的研究生没能入学。学校共有4人。

（三）研究生教育恢复及发展阶段（1978-1999年）

1978年，南京医学院招收硕士研究生22名。1981年，学校被国务院学位委员会批准为首批博士学位授予单位，赵慰先教授为我国第一批博士生指导教师。同年，学校招收博士研究生管晓虹1名。

1986年，国务院学位委员会、国家教育委员会、卫生部批准学校开展《培养医学博士（临床医学）研究生》的试点工作。国家教育委员会批准学校为首批推荐优秀应届本科毕业生免试为硕士研究生的试点单位。国务院学位委员会批准学校为第二批在职人员以毕业研究生同等学力申请硕士学位试点单位。

1987年，国家教育委员会批准学校选派博士研究生与国外合作培养，经申请，同意学校内科心血管研究室陈庆博士与美国哥伦比亚大学生化研究室进行科研合作培养。

1991年，国务院学位委员会刘天培教授为第三届国务院学位委员会学科评审组成员，学校首次有专家进入国务院学位委员会学科评审组。

1995年，国务院学位办下发了《关于改革博士生指导教师的审核办法》，博士生指导教师的审核由招生单位自行审定。1981-1995年，学校共有寄生虫学赵慰先、儿科学姜新猷、内科学张忠邦、内科学王敬良、药理学刘天培、寄生虫学沈一平、寄生虫学叶炳辉、内科学陈家伟、内科学马文珠、药理学饶曼人、寄生虫学吴观陵、内科学黄元铸、内科学张寄南、皮肤病与性病学朱文元14名教授被国务院学位办批准为博士生指导教师。

（四）研究生教育快速发展阶段（2000-2009年）

进入新世纪，学校先后建立了国家重点学科3个，国家重点学科（培育）学科1个；省级重点学科21个；校级重点学科23个。逐步形成了国家级、省级、校级三级重点学科建设体系，随之研究生教育进入快速发展时期。截至2009年共有博士学位授权一级学科3个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学）、博士专业学位授权一级学科2个（临床医学和口腔医学）;硕士学位授权一级学科9个、硕士专业学位授权一级学科7个;博士后科研流动站5个,学位授权点已覆盖医学、理学、工学和法学4个学科门类。研究生招生规模、种类不断扩大。

（五）研究生教育内涵发展阶段（2010年至今）

进入新世纪第二个十年，研究生招生规模增长速度整体有所放缓，研究生教育由外延式扩张阶段逐步向内涵式发展阶段转变，提高质量是研究生教育发展的核心任务。以国家需求为导向，学校调整学科专业布局，优化人才供给结构。现有一级学科博士学位授权点7个、二级学科博士学位授权点54个、交叉学科博士学位授权点6个、专业博士学位授权点3个；一级学科硕士学位授权点10个、二级学科硕士学位授权点65个、专业硕士学位授权点9个；博士后科研流动站6个，学位授权点覆盖医学、理学、工学、管理学、法学和教育学6个学科门类。公共卫生与预防医学学科入选国家“双一流”建设学科，在学科评估中获评A+等级。截至2023年，13个学科位列ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科、药理学与毒理学学科位列ESI全球排名前1‰。

恢复研究生教育后，学校40年学历教育研究生发展情况（1978年—）

南京医科大学现有博士后流动站

（2024年3月更新）