一、解放前南京医科大研究生教育
        南京医科大学研究生教育历史可追溯到解放前。1929年，国民党南京政府公布了《大学组织法》和《大学规程》，规定了高等教育机关分为大学、独立学院、专科学校和研究院（所），并指出，大学研究院（所）的任务是招收大学毕业生研究高深学术，各研究生研究期限暂定为至少3年。1935年，国民党政府公布了《学位授予法》、同年教育部颁布了《学位分级细则》、《硕士学位考试细则》，1940年教育部又颁发了《博士学位评定会组织法》和《博士学位考试细则》，这个时期研究生教育有了立法程序，有了一套比较完整的制度。我校于1942年7月奉令成立医科研究所寄生虫学部，由部聘教授洪式闾博士兼主任。至1947年5月奉指令，改组为国立江苏医学院寄生虫学研究所。1942年12月本所招收第一届研究生兼助教赵慰先一名，1943年8月招收第二届研究生王培信、王毓楹二名。并于1945年8月及1946年1月由研究生王培信及赵慰先提出硕士论文各一篇，参与硕士考试及格，经部复核审查通过授予硕士学位。
        在解放前，由于旧中国的教育和科技落后，只有少数学校招收过为数不多的研究生。据统计从1935年至1949年全国授予硕士学位人数才200多人，没有授予过博士学位。

二、新中国成立后南京医科大研究生教育
        新中国成立以后，我国从1950年开始招收研究生。1953年11月27日，高等教育部发布了《高等学校培养研究生暂行办法（草案）》，明确规定：“……师资条件较好的高等学校应担负培养研究生的任务，其目的为培养高等学校师资和科学研究人才”。1961年9月，中共中央印发了《中华人民共和国教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》，对我国研究生教育作了具体规定和要求。1963年，教育部在北京召开了研究生工作会议，会议通过了《高等学校培养研究生工作暂行条例（草案）》、《关于高等学校制定理工农医各专业培养方案的几项规定（草案）》、《关于高等学校培养研究生学籍处理的几项规定》等文件，从此我国高等学校、科研机构研究生工作逐步走上轨道，到1965年，我国培养研究生的高等学校有134所，科研机构100个，在校研究生人数为4546人，毕业研究生15942人。在此期间，我校共培养研究生14人。1966年，由于发生了“文化大革命”，通过研究生入学考试的研究生没能入学，我校共有4人。

三、恢复研究生招生后南京医科大学研究生教育
        1977年10月12日，国务院转发了教育部《关于做好1977年高等学校招生工作的意见》，该文件对全国研究生招生工作做了统一的部署，并对研究生的培养目标有了明确的要求：应具有系统而坚实的的基础理论、专业知识和科学实验的技能，能独立进行科学研究工作。1978年1月教育部在《关于高等学校1978年研究生招生工作安排意见》中明确了1977年和1978年两年的研究生招生工作合并于1978年进行统称为1978年研究生。1980年2月12日，中华人民共和国第五届全国人民代表大会常务委员会第十三次会议通过了《中华人民共和国学位条例》，并宣布自1981年1月1日起实行。随后国家又制定了《中华人民共和国学位条例暂行实施细则》。从1978年恢复研究生招生到1981年的学位制度建立至今，我校的研究生教育和全国的研究生教育一样经历了四个阶段：

(一)1978年～1981年为恢复时期
1. 在这一时期主要确定招生学科，拟定入学考试办法，制定各学科专业研究生培养方案及有关规章制度；
2. 积极组织学位点申报，1981年我校被国务院学位委员会批准为首批博士学位授予单位，这为我校今后的研究生教育发展打下了坚实的基础。
这一时期我校研究生招生规模较少，处于恢复阶段：  

(二)1982年～1987年为发展和改革时期
1. 为适应这一时期我国经济建设和社会发展需要，努力扩大研究生招生规模。抓住第二批和第三批学位点申报的机遇，使学位授权点有所扩大，研究生招生规模显著增加： 

2. 大胆改革，拓宽培养途径。改革招生办法，扩大在职人员录取比例，对本科毕业四年以上的在职人员实行“单独考试”制度，优先录取优秀的在职人员；开展临床应用型人才培养的试点工作；尝试与国内、外高校联合培养研究生，拓宽研究生培养途径。
3. 为适应研究生规模迅速发展的需要，我校先后成立了研究生科和研究生处，加强了管理队伍的建设。

(三)1988年～1990年为治理整顿和调整时期
1. 随着研究生规模的不断扩大，改革进一步深入，为进一步提高研究生培养质量，接受了高校研究生教育的检查评估，肯定了我校研究生教育的成绩，提出了改进意见和要求。
2. 修订研究生培养方案和有关规章制度、加强研究生的外语教学、改进研究生的思想政治教育。
3. 召开了首届研究生教育工作大会。大会统一了认识，总结了经验，提出了今后的发展方向。
在治理整顿阶段，研究生招生规模处于稳定发展阶段： 

(四)1991年～2006年为大发展时期
1. 通过治理整顿，研究生的教育质量有了较大的提高。为进一步适应我国经济的迅速发展，加快高层次人才培养已成为这一阶段的主要任务，研究生招生规模明显扩大： 

2. 积极组织学位点申报，获得了七个一级学科硕士学位授权点，三个一级学科博士学位授权点，使博士学位授权点复盖了所有的医学学科。为我校“十一五”发展奠定了很强的学科基础。